Кайто Даймон, десятиклассник с дурной славой, был весьма особенным молодым гении. Для него в жизни интересными оказывались не стандартные учебные достижения, а исключительно решение различных загадок и головоломок. Кайто сам ни за что не хотел бы посещать школу, однако его детская подруга Ноноха Ито, энергичная и спортивная девушка, всегда находилась рядом с ним, поддерживая и помогая справляться со всеми трудностями, связанными с его плохим поведением. Но оказывается, что сама Академия Квадратный корень является довольно странной и загадочной, ведь она полна страстных поклонников головоломок. И кто же мог предположить, что президент студенческого совета и головоломочного клуба Содзи Дзикукава сможет озадачить самого Даймона? Используя хитрость, Содзи поставил парня в переделку, отправив его в ловушку смертельного лабиринта. Однако благодаря помощи Нонохи, парень смог преодолеть все смертельные испытания и получил в свое владение Контракт Орфея – устройство, позволяющее ему использовать свои мозговые способности на максимуме. Теперь Кайто стал одним из тех немногих избранных, кто способен справиться с загадками и задачами, созданными всемирной тайной организацией, которая постоянно придумывает новые неразрешимые головоломки. Под псевдонимом Эйнштейн и в компании своей надежной подруги Нонохи (как же без нее?), главный герой начинает свою жизнь в среде, где ценятся не громкие слова и высокомерие, а только конкретные поступки и способность решать задачи, будь они хоть орешками. Он приближается все ближе к Мистерии Бога и стремится завоевать свое место в иерархии решателей. Зачем же все это нужно директору школы и зловещей мировой лиге – это, вероятно, самая важная загадка всего сериала!
